Η επικράτηση του στρατού της Δημοκρατικής Γαλλίας του Ναπολέοντα Βοναπάρτη επί εκείνου της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας της Βενετίας, υποχρέωσε τη δεύτερη στην υπογραφή της συνθήκης υποταγής. Το 1797, υπογράφεται η Συνθήκη του Καμπο Φόρμιο (Treaty of Campo Formio) και η κατοχή του κάστρου περνά από τους Ενετούς στους Δημοκρατικούς Γάλλους.
Με απόφαση του Βοναπάρτη, τα Επτάνησα διαιρέθηκαν σε τρεις νομούς (Départements français de Grèce) με την Λευκάδα να ανήκει στον νομό της Ιθάκης. Οι αντικληριστές Γάλλοι προβαίνουν σε όλες τις προσαρτημένες περιοχές σε διάφορες ενέργειες για την εκκοσμίκευση του κράτους, βεβηλώνοντας τις εκκλησίες και απαγορεύοντας διάφορες θρησκευτικές τελετουργικές πράξεις. Στo κάστρο της Λευκάδας μετατρέπουν τον ορθόδοξο ναό της Αγίας Μαύρας και τον λατινικό ναό του Παντοκράτορος σε αποθήκες ζωοτροφών.
Τον Ιούλιο του 1798, η Ρωσία και η Οθωμανική Αυτοκρατορία συμμαχούν για να ανακόψουν τον επεκτατισμό των Δημοκρατικών Γάλλων στην περιοχή της Μεσογείου.
Κομβικής σημασίας, για την επίτευξη του στόχου τους, θεωρείται η κατάληψη των νησιών του Ιονίου Πελάγους, τα οποία βρίσκονταν υπό γαλλική κατοχή από το 1797. Ο ρωσοτουρκικός στόλος, έχοντας καταλάβει Κήθυρα, Ζάκυνθο, Κεφαλονιά και Ιθάκη, φτάνει στο θαλάσσιο χώρο έξω από το κάστρο της Αγίας Μαύρας, στις 13 Οκτωβρίου 1798.
Την ίδια μέρα, μεγάλη δύναμη Οθωμανών στρατιωτών σταλμένη από τον Αλή Τεπελενλή, Πασά της Ηπείρου, στρατοπεδεύει σε μικρή απόσταση. Με τον αποκλεισμό του κάστρου από στεριά και θάλασσα, η ρωσοτουρκική στρατιωτική διοίκηση αξιώνει από τους Γάλλους την άμεση παράδοσή του. Η αρνητική απάντηση του Γάλλου φρούραρχου και η απόφασή του για τη μέχρις εσχάτων άμυνα, εξοργίζει τους Διοικητές των συμμαχικών δυνάμεων, οι οποίοι διατάσσουν την έναρξη της πολιορκίας.
Στις 3 Νοεμβρίου, ύστερα από 12 ημέρες σφοδρού βομβαρδισμού, τα εφόδια των Γάλλων άρχισαν να λιγοστεύουν, ενώ 12.000 άνδρες έσπευσαν να ενισχύσουν την ρωσοτουρκική πλευρά, με αποτέλεσμα οι Γάλλοι να εξαναγκαστούν στην παράδοση του κάστρου.
Οι όροι της συμφωνίας παράδοσης δεν ήταν ευνοϊκοί για τους ηττημένους. Οι στρατιώτες της φρουράς στάλθηκαν στην Κωνσταντινούπολη ως αιχμάλωτοι πολέμου, ενώ ο φρούραρχος και οι αξιωματικοί πίσω στη Γαλλία, με τον όρο ότι δεν θα επιτίθεντο ξανά εναντίον του Αυτοκράτορα της Ρωσίας, του Σουλτάνου της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και των άλλων συμμάχων τους, μέχρι το τέλος του πολέμου.
Κατά τα έτη 1800-1807 στις επάλξεις του κάστρου της Αγίας Μαύρας κυματίζει η σημαία της Επτανήσου Πολιτείας, ένα είδος ομόσπονδου κράτους, με την Τουρκία να έχει την επικυριαρχία και τη Ρωσία να είναι η εγγυήτρια δύναμη. Η ήττα, εντούτοις, της Ρωσίας από τον Ναπολέοντα Βοναπάρτη, αναγκάζει τον Τσάρο Αλέξανδρο Α΄ να ζητήσει ανακωχή και ως εκ τούτου η Επτάνησος Πολιτεία περνάει τον Ιούλιο του 1807 στην κυριότητα των Αυτοκρατορικών Γάλλων.
Κατά τη διάρκεια της τριετούς παραμονής τους στο κάστρο της Αγίας Μαύρας (1807-1810), αυτοί τελειοποίησαν την οχύρωσή του, προσθέτοντας νέο πολεμικό εξοπλισμό.
Το 1806 οι συμμαχικοί δεσμοί Ρώσων και Τούρκων διασπώνται και ο Αλή Πασάς, παρακινημένος από τη γαλλική διπλωματία, στρέφεται εναντίον των Ρώσων. Συγκεντρώνει σταδιακά στρατεύματα και προβαίνει σε προπαρασκευαστικές εργασίες. Στις αρχές του 1807, και μέσα σε πολύ σύντομο χρονικό διάστημα, κατασκευάζει σε κορυφές λόφων δυο νέες οχυρώσεις.
Το οχυρό «Τεκές» ή κάστρο «του Γρίβα» και το κάστρο Αγίου Γεωργίου Πλαγιάς. Και τα δύο έχουν άμεση οπτική επαφή με το κάστρο της Αγίας Μαύρας. Λίγο νωρίτερα είχε κατασκευάσει το φρούριο του Ακτίου, στην πλευρά της Ακαρνανίας και απέναντι, στην Πρέβεζα, το 1807, το κάστρο του Παντοκράτορα. Ο Αλή Πασάς με το αμυντικό οχυρωματικό δίκτυο που οργάνωσε ταχύτατα, απέβλεπε στον έλεγχο της ευρύτερης περιοχής του Αμβρακικού.
Σε απάντηση, οι Ρώσοι, προκειμένου να προετοιμαστούν απέναντι στην επικείμενη επίθεση του Αλή Πασά, κατασκεύασαν την ίδια περίοδο το αποκαλούμενο «νέο οχυρό», στο μέσον περίπου του νότιου βραχίονα των Νέων Αλυκών και τέσσερα επάκτια πυροβολεία στην Γύρα, ενώ επισκεύασαν και το οχυρό Τοrretta.